Resumo:
A história recomeça três anos depois, em Abril de 2002. T.K e Kari, agora com 11 anos, começam o 5º ano quando são novamente chamados ao dever. No entanto, como os mais velhos estão demasiado ocupados, entre a escola, clubes e vida pessoal, três novas Crianças Escolhidas surgem - Davis, Yolei e Cody.
Forma-se então um novo grupo de digiescolhidos, e embora os mais velhos (em especial Izzy e Tai) deêm uma mãozinha de vez em quando, tem um papel definitivamente secundário na história.
O inimigo desta vez é o auto-proclamado Imperador Digimon, um rapaz que ambiciona escravizar e dominar os digimons com a ajuda das suas Torres Negras, que impedem os digimons de digievoluir. Com a descoberta dos digiovos, o problema soluciona-se, e então as Crianças começam a destruir as Torres, uma após outra.
Episódio 05 - Destruam a Torre NegraEpisódio 06 - Piquenique Perigoso
Episódio 07 - As memorias antigas de Kari
Episódio 08 - A Solidão do Imperador Digimon
Episódio 09 - O Poder Mágico do Anel Negro
Episódio 10 - MetalGreymon Ataca
Episódio 11 - LighDramon/Raidramon, O Trovão Azul
Episódio 12 - Tiros infinitos no Oeste Digimon
Episódio 13 - O Uivo de Dragomon
Episódio 14 - Shurimon, O Lutador Ninja
Episódio 15 - As Artes Marciais de Shurimon
Episódio 16 - Submarimon, A Maquina do Oceano
Episódio 17 - Memorial de Odaiba
Episódio 18 - A Base do Imperador Digimon
Episódio 19 - Kimeramon, O Monstro Composto
Episódio 20 - A Milagrosa Digievolução, Magnamon
Episódio 21 - Adeus Ken
Episódio 22 - A Digievolução Corajosa, ExVeemon
Episódio 23 - Quando o Digivice é Tocado pelas Trevas
Episódio 24 - Ankylomon, O Guerreiro da Terra
Episódio 25 - Anquilomon, O Guerreiro do Céu
Episódio 26 - Digievolução de DNA,Quando os Corações se Unem
Episódio 27 - O Nascimento de Paildramon
Episódio 28 - A Armadilha da Encantadora de Insetos
Episódio 29 - O Fracasso da Mulher Aranha
Episódio 30 - O Nascimento de BlackWarGreymon
Episódio 31 - Entendendo Um ao Outro,Surge Silphymon
Episódio 32 - As Ruínas Misteriosas
Episódio 33 - Pânico em Kioto
Episódio 34 - Protegendo os Pontos Sagrados
Episódio 35 - A Agonia de BlackWarGreymon
Episódio 36 - Shakkoumon, O Anjo Resistente
Episódio 37 - O Segredo de Tintiromon
Episódio 38 - Festa de Natal Digimon
Episódio 39 - O Nascimento de Imperialdramon
Episódio 40 - Operações em Nova York e Hong Kong
Episódio 41 - Operações no Mar de Coral e em Versalhes
Episódio 42 - Operações no México e na Rússia
Episódio 43 - O Ataque das Forças do Mal de Deemon
Episódio 44 - A Batalha Contra os Digimaus
Episódio 45 - O Portal da Escuridão
Episódio 46 - BlackWarGreymon contra WarGreymon
Episódio 47 - O Selo de BlackWarGreymon
Episódio 48 - O Terror de MaloMyotismon
Episódio 49 - A Última Hiperdigievolução
Episódio 50 - Nosso Querido Digimundo
